在Western實(shí)驗(yàn)中，蛋白Marker可以監(jiān)控蛋白質(zhì)在SDS-PAGE中的遷移，監(jiān)控蛋白的轉(zhuǎn)膜效率，確定蛋白分子量大小。選擇正確的蛋白Marker是westernblot實(shí)驗(yàn)成功的條件之一。蛋白Marker分為兩種：一種是未預(yù)染的Marker，即寬分子量蛋白標(biāo)準(zhǔn)，高分子量蛋白標(biāo)準(zhǔn)及低分子量蛋白標(biāo)準(zhǔn)；另一種是預(yù)染的Marker，即單色預(yù)染和多色預(yù)染。

　　一、未預(yù)染蛋白Marker

　　未預(yù)染的蛋白Marker是簡單，也是最準(zhǔn)確的一種，由于沒有附帶染料分子或者標(biāo)記大小正好是蛋白原本的大小，是精確判斷蛋白大小必須的。現(xiàn)在的Marker多數(shù)選用預(yù)混合的marker，方便不同大小蛋白的比較。

　　二、預(yù)染蛋白Marker

　　預(yù)染蛋白Marker是一些純化較好的蛋白混合物，通過與染料共價偶聯(lián)，在電泳過程中或者轉(zhuǎn)膜時可以直接觀察到。預(yù)染Marker的出現(xiàn)方便了我們的實(shí)驗(yàn)，這種蛋白分子量標(biāo)準(zhǔn)可以幫助我們在電泳時，電泳后，以及轉(zhuǎn)膜后檢測電泳情況和估計(jì)遷移率。值得注意的是預(yù)染蛋白Marker與染料共價偶聯(lián)，所以在不同的緩沖條件下電泳時遷移特性可能會發(fā)生某些變化，可能導(dǎo)致一些偏差，所以不太適合精確定位蛋白。